Museet for Samtidskunst er en selvejende institution, der drives med tilskud fra Staten og Roskilde Kommune samt tilskud fra private fonde. Museet ledes af en kunstfaglig direktør.

Bestyrelsen

Frank Birkebæk (Formand), direktør Roskilde Museum (Udpeget blandt museets stiftere)

Evan Lynnerup (Næstformand), medlem af Roskilde Kulturudvalg  (Udpeget blandt museets Venneforening)

Henrik Rasmussen, adm. dir. (udpeget af Roskilde Festival)

Ann Lislegaard, professor (udpeget af Kunstakademiet)

Martin Bayer, institutleder (udpeget af Roskilde Universitet)

Jens-Peter Brask, restauratør (udpeget af bestyrelsen)

Birgitte Strømgaard, associeret medlem (udpeget af bestyrelsen)

Poul Knopp Damkjær, kulturchef, Roskilde Kommune (tilforordnet)